Ahora lo digo en subjuntivo o en indicativo?

Está claro que un nativo no se pregunta cada vez que habla si la frase que va a decir en ese momento está en indicativo ó en subjuntivo! Hablamos sin darnos cuenta tanto en indicativo como en subjuntivo, los mezclamos muchas veces en una oración sin reparar lo que decimos, como por ejemplo: "Qué mal tiempo hace hoy" , ojalá que manana no llueva y haga sol!! El llevar a la clase este tema me ha hecho meditar, ya que mis alumnas del Grupo Herrera repasan el subjuntivo presente y se preguntan el porqué saltamos de un lado al otro? No podemos decir lo mismo en indicativo? El caso está que aún explicándoles las reglas y haciéndoles ver que el subjuntivo es lógico (tal como nos lo explicaron en un seminario del Cervantes hace unos anos atrás) el hacerles tomar conciencia del uso del subjuntivo no es nada fácil. El que se aprendan el la forma y la conjugación, hasta que se puede, pero el usarlo en el cotidiano amerita no solo la práctica y el uso que le den a la lengua, sino en una imersión casi un bautismo (sin deseos de ofensa!) de que no es malo usarlo y que da gusto el usarlo.
A lo mejor se dirán: y qué le pasa? Me sorprende que opine eso y que no diga pero que lógico suena el subjuntivo, cuál es el problema?